MicroRNA7數據分析流程


 

注册彩金送娱乐平台 www.abvjr.icu MicroRNAmiRNA)屬于smallncRNAs,是單鏈的短RNA,長度在22nt左右。MicroRNA是基因表達的主要調節分子。MicroRNA以序列互補的方式與特異靶mRNA結合,通過降解靶mRNA或抑制其蛋白翻譯調控靶基因的表達。MicroRNA不但在基本的生物過程,如發育、應激反應、代謝和基因組完整性維持等方面有基本而重要的調控作用;在疾病的發生發展全過程中,也發揮重要的調控作用。

今天小編來給大家講一下常規microRNA表達譜芯片分析,大家注意作好記錄奧,流程如下:

分步流程:

1. 芯片預處理與標準化

2. 篩選差異表達microRNA

3. microRNA聚類圖、火山圖以及熱圖等

4. microRNA靶基因預測,基于多數據庫整合的靶基因預測以及上海豐核自主知識產權的預測軟件同時識別

5. 對預測的microRNA的靶基因進行GO富集分析通路富集分析等

 

 

同時,常見個性化分析如下:

1. microRNA網絡分析:

a)        microRNA靶基因失調網絡,在疾病發生的過程中,某些microRNA可能失調了它的靶基因造成正常的調控功能異常,從而造成疾病的發生

 

b)       microNRA功能協同作用網絡,正?;逯卸喔?/span>microRNA同時調控某一靶基因很常見,從而達到共同調控某種生命過程的目的,而在疾病個體中可能出現調控同一功能的microRNA同時出現了差異的表達,這種異常的協同作用可能是疾病發生的原因。下圖為一個示例協同作用網絡:

2. microRNA與其他芯片整合分析:

 

a)    microRNA芯片與lncRNAs芯片結果聯合分析(ceRNA Analysis)。根據ceRNAscompetingendogenous RNAs,競爭性內源RNAs假說,mRNAs和長鏈非編碼RNAslong non-codingRNAs,LncRNAs)間通過使用microRNA響應元件(microRNA responseelements,MREs)作為一種“語言”彼此間進行“通信”,形成一個復雜的調控網絡,在病理條件下(例如癌癥),發揮著重要的作用。通過聯合microRNA表達譜和Arraystar LncRNA芯片結果,能夠找出最有可能的ceRNA,并繪制ceRNA調控網絡。上海豐核信息科技有限公司通過分析尋找感興趣的lncRNA ceRNAs,進而構建miRNA、lncRNAceRNA的調控網絡,從而揭示ceRNA通過競爭性結合miRNA來調控目的lncRNA的新的調控模式。適用范圍:同時具有miRNA表達譜數據和LncRNA芯片數據的樣品。

 

b)   microRNAmRNA芯片整合分析。根據表達譜芯片結果和miRNA芯片結果聯合分析,進一步定位差異miRNA發揮功能的途徑以及相應的差異表達靶基因可能引起的生物學通路變化。首先利用差異表達的miRNA找尋靶基因,將其與表達譜中的差異表達基因取交集。這樣能找到既是差異miRNA的靶基因又在表達譜芯片中差異表達的基因,可以進一步縮小miRNA可能影響的基因的范圍,能夠更加準確地研究這些基因所發揮的生物學功能。適用范圍:同時具有mRNA表達譜數據和microRNA表達譜數據的樣品,一般情況下用于分析的差異miRNA數目應小于10個。

 

 

c)   microRNAsDNA甲基化芯片結果聯合分析。DNA甲基化和microRNA調控是兩種重要的表觀遺傳現象。研究表明,特定microRNA能夠作為腫瘤抑制microRNA靶向DNA甲基轉移酶(DNAmethyltransferase,DNMT)。例如miR-29家族microRNA靶向DNMT 3A3B,導致全基因組DNA甲基化的改變。同時,抑癌microRNA的啟動子甲基化程度的改變也會影響癌癥(例如多發性骨髓瘤)的發生。聯合 microRNAsDNA甲基化芯片結果能夠研究兩者之間的復雜調控關系,更好地理解癌癥發生的機制。適用范圍:同時具有microRNA表達譜數據和甲基化譜數據的樣品。
3. 與臨床數據整合分析

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