金亚洲时时彩娱乐平台: 時間序列分析

                                                                 ——STEM軟件 (Short Time-series Expression Miner)

                                                                                           ——R包Mfuzz

1.背景介紹

      通過在不同時間點對細胞周期以及特地狀態條件下的基因表達進行測定,獲得的基因表達數據,即時間序列基因表達數據,包含著豐富的基因調控信息,可以想象位于基因調控網絡上游基因的變化,理應處于下游基因的前面。當上游基因(比如轉錄因子TF)的表達發生變化以后,這種變化會沿著基因調控網絡傳播,當測量了每個基因在不同時間的表達水平后,就能夠從這種時間序列數據中反推得到關于基因調控順序以及調控對象的重要信息。RNA-seq的基礎分析是差異表達。但當樣本的實驗時間點大于或等于3的時候,我們可能更關心這些基因在多個時間的變化規律(上下波動的變化),而不僅僅滿足于差異表達。
      我們利用STEM軟件通過先預設趨勢,再分配的基本原理將輸入的基因按照其表達趨勢進行分類,結合功能富集分析,從而更有效地挖掘數據內部的規律。
區別于K-means硬聚類算法,我們利用R包Mfuzz模糊聚類原理,將一個基因對應到幾個簇,通過計算各個簇下該基因membership值,直觀感受基因在某個聚類的歸屬程度,對時間序列這種逐漸變化,并且會頻繁的出現聚類重疊的類型的數據進行很好的聚類分析。

2.結果展示

    
圖1  stem軟件分析結果圖。左圖表示所有的聚類集合,有顏色的表示基因表達模式顯著相似,其中小方塊左上方的數字表示聚類基因集合的編號;方塊中黑色折線表示該基因集合中所有基因表達的整體趨勢走向;右圖為其中一個基因集合的具體表達模式圖及詳細信息。
 
 
圖2  R包Mfuzz分析基因表達模式聚類結果圖?;粕吐躺南弒硎鏡蚼embership值的基因,紅色和紫色的線表示高membership值的基因
圖3  R包Mfuzz分析基因表達模式聚類全局分布圖。藍色線粗細代表兩種聚類模式的耦合度。

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時間序列分析 STEM軟件 (Short Time-series Expression Miner) R包 Mfuzz 1.背景介紹 通過在不同時間點對細胞周期以及特地狀態條件下的基因表達進行測定,獲得的基因表達數據,即時間序列基因表


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