miRNA是一類廣泛存在于真核生物中的非編碼RNA,成熟的miRNA的長度在22nt左右,在轉錄后水平上通過調節其靶基因行使功能。miRNA已經被證明與多種癌癥相關基因的表達有關。因此,識別miRNA的靶基因對于認識基因之間的網絡調控關系,以及人類疾病的防治和治療都有著非常重要的關系。
分析內容:我們可以把分析分成兩種類型: 1)預測集:收集多個數據庫關系對數據(例如:miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等),使用多個工具預測miRNA-mRNA關系對;2) 驗證集:收集實驗驗證的數據庫,輸出為經過試驗驗證的miRNA-mRNA關系對。 提供的內容既可以是感興趣的miRNA,也可以是感興趣的genes. 結果提供關系對數據以及網絡圖。


圖1 miRNA-target網絡。A是上調基因的miRNA靶基因網絡;B是下調基因的miRNA靶基因網絡。

miRNA靶基因分析

miRNA是一類廣泛存在于真核生物中的非編碼RNA,成熟的miRNA的長度在22nt左右,在轉錄后水平上通過調節其靶基因行使功能。miRNA已經被證明與多種癌癥相關基因的表達有關。因此,識別


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